les variationns du génome humain

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mercredi 22 novembre 2006,

[center]Repérer des régions de l'ADN variant d'un homme à l'autre pour mieux soigner [/center]

Par Annie HAUTEFEUILLE


PARIS (AFP) - Pour faciliter la découverte de gènes de prédisposition à différentes maladies, une équipe internationale de chercheurs a élaboré une carte de régions du génome variables d'une personne à l'autre, selon des travaux rendus publics mercredi.

Certains segments se trouvent recopiés de multiples fois sur les longs fils d'ADN, mais le nombre de ces copies, leur localisation, peuvent varier d'un individu à l'autre. Même situés hors des gènes eux-mêmes, ces segments transposés ou supprimés (délétions) peuvent avoir une influence sur leur expression et donc sur le fonctionnement de l'organisme.

Maladies d'Alzheimer, de Parkinson, susceptibilité à un des virus du sida (VIH-1), réactions individuelles aux médicaments ou à certains autres produits de notre environnement pourraient être liées à ce type de différences génétiques, expliquent des chercheurs dans la revue scientifique britannique Nature.

Sur les longs fils d'ADN blottis au coeur de chacune des nos cellules, le programme génétique dépend de l'ordre dans lequel se succèdent quatre motifs chimiques élémentaires appelées bases (G pour guanine, A pour adénine, C pour cytosine, T pour thymidine, sont les quatre lettres de cet alphabet).

De larges portions d'ADN situées entre les gènes (dit ADN non-codant) avaient, dans un passé récent, été traitées avec mépris d'ADN "poubelle", car sans fonction identifiée.

A peine achevés les programmes de décryptage "lettre" à "lettre" du génome humain, des équipes de chercheurs ont entrepris de le cartographier, ADN-non codant compris, pour y établir des sortes de balises, afin d'accélérer le repérage de gènes de susceptibilité à différentes maladies.

Le projet du Consortium international Hapmap lancé en 2002, associant secteur public et privé de recherches avec des équipes de six pays (Canada, Chine, Japon, Nigeria, Royaume-Uni, Etats-Unis) s'inscrit dans ce cadre.

Pour avoir le plus large éventail possible de variations génétiques au sein de la population humaine, les chercheurs ont utilisé des échantillons de sang de 269 volontaires, dont l'anonymat a été préservé, originaires de quatre régions du monde : des Japonais de Tokyo, des Chinois Han de Pékin, des Yoruba d'Ibadan au Nigeria et des résidents de l'Utah dont les ancêtres venaient d'Europe du Nord ou de l'Ouest.

Plus d'un million de variations ponctuelles (portant sur une seule lettre ou base) appelés SNP (polymorphisme simple nucléotide) avaient déjà été repérées voici un an. Ces résultats sont confirmés et même étendus à 1,5 million de SNP, d'après une des études publiées mercredi.

Utilisant le même échantillon de population que le projet Hapmap, Matthew Hurles (Welcome Trust Sanger Institute, Cambridge, Royaume-Uni) et des chercheurs américains, canadiens, japonais et espagnols ont cherché à repérer des variations concernant de larges segments d'ADN contenant au moins un millier, voire des millions de paires de bases chacun.

Duplications multiples, insertions, délétions de ces segments sont appelés variations du nombre de copies (CNV). Plus de 1.400 CNV ont été repérées, couvrant 12% du génome humain, soit beaucoup plus qu'escompté. Elles contiennent des centaines de gènes et autres éléments fonctionnels, selon l'étude publiée dans Nature.

"En étudiant davantage d'individus en bonne santé de différentes populations, nous découvrons des séquences d'ADN complètement nouvelles, qui étaient absentes des individus ayant servi au projet de séquençage du génome humain", a souligné le Pr Charles Lee (Harvard Medical School, Boston, Etats-Unis).

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[center]Au sein de l'espèce humaine, les différences génétiques sont plus grandes qu'on ne le pensait[/center]

LE MONDE | 23.11.06 |

C'est sans aucun doute une étape importante dans l'histoire de la compréhension des fondements génétiques de l'espèce humaine.

Plusieurs groupes de généticiens annoncent, jeudi 23 novembre, dans les revues Nature, Nature Genetics et Genome Research avoir découvert que les différences de structure des génomes entre les personnes sont nettement plus importantes qu'on ne le supposait.

En d'autres termes, le résultat récent du séquençage du génome humain n'était qu'une forme de dénominateur commun et ne reflétait en aucun cas la richesse des différences existant entre les populations qui constituent l'espèce humaine.

Les résultats publiés aujourd'hui s'inscrivent dans le cadre du Consortium international Hapmap lancé en 2002 et associant des équipes de généticiens du secteur public et privé travaillant dans des centres de recherche de six pays : Canada, Chine, Japon, Nigeria, Royaume-Uni et Etats-Unis.

Afin de couvrir le plus large éventail possible de variations génétiques au sein de la population humaine, ces chercheurs ont, à partir de cellules sanguines, étudié les variations structurelles existant dans les génomes de 270 personnes - toutes volontaires - dont l'anonymat a été préservé.

En l'occurrence, des Japonais de Tokyo, des Chinois Han de Pékin, des Yoruba du Nigeria et des habitants de l'Utah dont il était établi que les ancêtres étaient originaires d'Europe du Nord ou de l'Ouest.

PERSPECTIVES MÉDICALES

Au total, plus d'un million et demi de variations ponctuelles (ou polymorphismes mononucléotidiques) du génome ont été recensées.

Des spécialistes du Wellcome Trust Sanger Institute de Cambridge (Royaume-Uni) travaillant avec des chercheurs américains, canadiens, japonais et espagnols se sont aussi intéressés aux variations portant sur des régions particulières de l'ADN du génome constituées chacune de centaines de milliers ou de millions de paires de bases.

Ces généticiens ont méthodiquement recherché les variations (duplications multiples, insertions, délétions) désignées comme étant des "variations du nombre de copies (CNV)" au sein de leur ADN.

Plus de 1 400 CNV ont été repérées, couvrant 12 % du génome humain, soit, là encore, beaucoup plus qu'on ne l'imaginait.

"En étudiant davantage de génomes de personnes en bonne santé de différentes populations, nous découvrons des séquences d'ADN complètement nouvelles, qui étaient absentes des individus ayant servi au projet de séquençage du génome humain", explique aujourd'hui le professeur Charles Lee (Harvard Medical School, Boston, Etats-Unis).

Au total, alors que les généticiens estimaient que les membres de l'espèce humaine avaient un génome commun à 99,9 %, il apparaît que ce pourcentage n'est que de 99 %.

Cette singularité pourrait avoir des conséquences dans le domaine médical. Ces travaux ont d'ores et déjà mis en évidence des différences notables entre les quatre groupes étudiés concernant des gènes de résistance à l'infection par le VIH ou au parasite responsable du paludisme.

De même des variations ont été observées concernant plusieurs gènes impliqués dans la physiopathologie d'affections neurodégénératives comme les maladies de Parkinson et d'Alzheimer.

Jean-Yves Nau