Documentation épidémie

Et lutte contre les pseudo-sciences et les obscurantismes

Re: Documentation épidémie

Message par com_71 » 04 Avr 2020, 08:55

convergences révolutionnaires 30 mars 2020 a écrit :Bacilles, parasites, virus… Des épidémies d’origines diverses

Avec le développement des vaccins et des antibiotiques, les populations des pays riches n’ont plus connu de véritables épidémies depuis la fin du xxe siècle, la poliomyélite y étant officiellement éradiquée à la fin des années 1990. Aujourd’hui, c’est près d’un tiers de la population mondiale qui se trouve confinée dans l’espoir de limiter la propagation de l’épidémie de maladie à coronavirus. Une manière brutale de rappeler que les épidémies, quelles qu’elles soient, sont loin d’avoir disparu de la surface du globe.
Trois grands types d’épidémies

On peut globalement distinguer trois grands types d’épidémies, selon l’agent pathogène qui en est responsable : les épidémies à bacille (comme la peste, la tuberculose ou le choléra), les épidémies à virus (comme l’actuelle maladie à coronavirus ou la maladie à Ebola), et les épidémies à parasite (comme le paludisme, également connu sous le nom de malaria).

Un bacille est une bactérie, un être vivant constitué d’une seule cellule, se reproduisant par division cellulaire dès qu’il se trouve dans un environnement propice à sa croissance, c’est-à-dire un animal-hôte dans le cas d’une infection.

Un parasite est également un organisme vivant, généralement unicellulaire dans le cadre des maladies infectieuses, mais dont la structure cellulaire est plus complexe que celui d’une simple bactérie. Ces êtres présentent la particularité d’avoir un cycle de reproduction en plusieurs étapes dont l’une est l’infection d’un hôte.

Enfin, les virus sont des entités à part. Considérés comme des êtres vivants par certains scientifiques mais pas par tous, leur structure ne comprend pas l’essentiel des molécules nécessaires à leur fonctionnement, donc à leur reproduction. Ils doivent ainsi infecter les cellules, plus complexes, d’un organisme pluricellulaire afin de détourner leur machinerie moléculaire pour produire de nouvelles particules virales, les virions, qui se propageront vers une nouvelle cellule en détruisant l’ancienne.

Pour qu’on commence à parler d’une épidémie dans le cadre d’une maladie infectieuse, il faut qu’elle se propage dans une proportion relativement importante de la population. Le caractère épidémique d’une maladie n’est pas seulement une notion d’échelle. Il faut également que celle-ci soit transmissible d’un organisme à un autre, entre humains ou entre humains et animaux. Ainsi, les maladies chroniques touchant une forte proportion de la population, comme le diabète ou les maladies cardiovasculaires, ne présentent pas ce caractère transmissible. On ne peut donc pas parler d’épidémie dans leur cas, malgré un nombre de malades important et en hausse.
Les épidémies à bacille

Les épidémies à bacille sont des infections de l’organisme provoquées par une bactérie. Cet agent pathogène peut être hébergé par un animal-hôte, pour lequel il peut également, mais pas forcément, être pathogène, avant d’être transmis par contact avec l’homme. C’est le cas de la peste, provoquée par la bactérie Yersinia pestis et transmise par l’intermédiaire d’un animal-hôte, sans doute la puce du rat.

Il est également possible d’être infecté par ingestion d’aliments ou d’eaux contaminées. Le choléra, dont le bacille Vibrio cholerae est présent dans les eaux souillées, se répand encore chaque année de manière extrêmement rapide chez les populations n’ayant pas accès à l’eau potable.

Ces maladies sont généralement traitées à l’aide d’antibiotiques, des molécules s’attaquant plus ou moins spécifiquement à la bactérie pathogène, qui détruisent la source de l’infection ou qui aident l’organisme à la détruire par lui-même. Les découvertes de la pénicilline dans un premier temps, puis de la streptomycine et du chloramphénicol, ont permis l’éradication quasi-totale de ces maladies dans les pays industrialisés. Pourtant, l’émergence de souches bactériennes résistantes aux antibiotiques usuels fait craindre une résurgence de ces maladies dans les pays industrialisés, et donc potentiellement de nouvelles épidémies qu’on y croyait disparues.
Les épidémies à virus

Ces épidémies résultent d’un virus qui apparaît chez un animal-hôte avant d’être transmis à l’homme. La maladie à coronavirus actuelle trouve probablement son origine chez une espèce de chauve-souris, pour laquelle le virus n’était pas pathogène, avant sa transmission à un pangolin, dont la chair est prisée des populations de la région du Hubei en Chine. La variole serait quant à elle apparue chez des rongeurs africains, avant de se transmettre à l’homme et de provoquer régulièrement pendant des siècles des épidémies mortelles.

Le seul traitement contre ce type de maladies, qui ne consiste pas seulement à lutter contre les symptômes mais bien à faire disparaître l’agent pathogène, résulte dans la mise au point d’un vaccin. Le principe consiste à inoculer chez un sujet sain une forme inoffensive du virus pour qu’il développe des défenses immunitaires dirigées contre le virus. Cette technique a permis à l’Organisation mondiale de la santé d’éradiquer complètement la variole de la surface de la planète dans les années 1960, à la suite d’une campagne de vaccination massive des populations. Pour être efficace, la vaccination doit cependant être administrée à un nombre suffisant de personnes dans la population (de l’ordre de 70 %, mais cela varie en fonction des maladies). La remise en cause de son efficacité par le mouvement « antivax » a ainsi permis la réapparition de la rougeole, et des morts associées, dans des régions d’où elle avait complètement disparu.
Les épidémies à parasite

Tout comme les épidémies à bacille, les épidémies à parasite résultent de l’infection d’un organisme par un autre être vivant. Mais là où il s’agissait de bactéries dont des antibiotiques sont connus, l’agent pathogène de ces dernières épidémies est un organisme plus complexe pour lequel il n’existe généralement aucune molécule antibiotique simple. Ainsi, la désormais fameuse chloroquine a longtemps été utilisée comme antipaludique, mais son activité est aujourd’hui presque inefficace dans les zones où la maladie est endémique. Les recherches sont toujours en cours pour développer des traitements efficaces au paludisme, dont la première apparition connue chez l’homme est estimée à 50 000 ans avant notre ère.

L’épidémie actuelle


L’épidémie de maladie à coronavirus appartient à la catégorie des épidémies à virus. Les deux stratégies pour y mettre fin sont connues des scientifiques depuis le début :

attendre que la maladie se soit propagée dans la population et ait provoqué une immunité chez un nombre suffisant de personnes pour devenir inoffensive. Cette stratégie dite d’« immunité collective » (herd immunity en anglais) a été initialement adoptée par Boris Johnson au Royaume-Uni et Donald Trump aux États-Unis, avant d’être finalement abandonnée devant l’estimation du nombre impressionnant de décès qu’elle aurait provoqué ;
développer un vaccin et organiser de grandes campagnes de vaccination auprès de la population.

En l’absence de vaccin, dont on estime la durée de mise au point entre un an et dix-huit mois, la seule solution reste donc de limiter la propagation de la maladie le plus possible pour éviter la saturation des systèmes de santé, et donc limiter le nombre de décès de malades qui ne pourraient pas être pris en charge. Une stratégie de longue haleine, compliquée par des années de politique de réduction des capacités d’accueil et de prise en charge des hôpitaux, ainsi que l’absence de toute planification dans l’organisation du système de santé, de la production de médicaments ou du matériel médical à l’administration des soins.
Une préoccupation des épidémies à géométrie variable

L’épidémie de maladie à coronavirus est volontiers présentée par les politiques comme un phénomène auquel l’humanité n’aurait pas été confrontée depuis longtemps. C’est oublier un peu vite que si la population des pays industrialisés a été relativement épargnée par les maladies infectieuses depuis le milieu du xxe siècle, la grande majorité de la population du globe vit en permanence sous leur menace. L’Afrique subsaharienne notamment paie chaque année un lourd tribut aux virus comme Ebola, qui a touché l’Afrique centrale en 2014 et qui continue aujourd’hui à sévir en l’absence de traitements efficaces. Mais c’est également le cas de l’Inde qui, avec l’Afrique, est un des principaux foyers de l’épidémie de paludisme, maladie presque aussi ancienne que l’humanité et responsable de centaines de milliers de décès chaque année. Sans parler de la tuberculose, dont on connaît pourtant un traitement, qui provoque encore des millions de morts chaque année dans les pays pauvres…

Jusqu’à présent, les dirigeants des grandes puissances capitalistes se préoccupaient assez peu du sort des pays comme l’Inde ou la République démocratique du Congo, en matière d’épidémies, tant que ça ne touchait pas leur économie et la source de leurs profits. Et il y a encore quelques mois, les Macron, Buzyn et Philippe regardaient d’un œil distrait ce qu’il se passait à Wuhan, comme si cela ne pouvait de toute façon que se cantonner aux pays d’Asie du Sud-Est. Aujourd’hui, c’est la population des vieilles puissances impérialistes qui commence seulement à payer le prix de leur arrogance et de leur irresponsabilité dans la gestion de la santé des populations.

Simon Costes

https://www.convergencesrevolutionnaire ... ?navthem=1

Leur site est un peu fouillis en ce moment, pas le seul, mais il y a de la doc intéressante.
L’intérêt ne pense pas, il calcule. Les motifs sont ses chiffres. K. Marx, « Débats sur la loi relative au vol de bois » 1842.
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Re: Documentation épidémie

Message par com_71 » 12 Avr 2020, 00:07

Sur le site du NPA
Yoann S. 30 mars 2020 a écrit :Retour sur la grippe espagnole

À l’heure où le monde entre dans une crise sanitaire, économique et politique historique, provoquée par le coronavirus Covid-19, alors que beaucoup de monde, en particulier en Occident, pensait en avoir fini avec les grandes maladies infectieuses, il est utile de faire un retour historique sur l’épidémie de grippe de 1918-1920.

L’émergence de l’épidémie

Le 4 mars 1918, à Camp Funston, un camp militaire de 50 000 hommes situé dans le Kansas, destiné à préparer les Américains à leur départ vers l’Europe en guerre, un soldat est pris d’une violente fièvre, de douleurs musculaires et de difficultés respiratoires. Suivi en l’espace de quelques heures de centaines d’autres. La maladie a atteint la côte est des États-Unis et embarque sur les bateaux militaires pour l’Europe, gagnant les tranchées dès le mois d’avril.

Extrêmement contagieuse, elle se révèle toutefois, dans un premier temps, peu mortelle. Elle est surnommée « grippe espagnole » pour des raisons bien particulières. L’Espagne étant un pays neutre non engagé dans la guerre, la censure ne pèse pas sur sa presse, qui peut donc parler librement d’une épidémie qui sévit sur son territoire, quand dans le même temps les belligérants français, allemands et britanniques cachent son existence pour ne pas révéler de faiblesses à leurs ennemis. Cette grippe « espagnole », signalée en premier aux États-Unis, est d’ailleurs probablement une souche d’origine asiatique.

Une deuxième vague, cette fois d’une ampleur inédite, va se déclencher à partir du 14 septembre 1918, de nouveau aux États-Unis. En l’espace de deux semaines, elle gagne l’ensemble de l’Amérique du Nord, puis l’Europe, et enfin la planète, causant des ravages pendant deux ans.

Le contexte de la sortie de guerre

Le contexte historique de l’épidémie de grippe Espagnole est bien spécifique. En 1918, la Première Guerre mondiale entre dans sa dernière année. Elle fait rage en Europe depuis 4 ans, causant des millions de victimes, des famines, des privations énormes pour les civils, des destructions de villes et de régions. La population, en particulier européenne, est extrêmement affaiblie physiquement par de telles conditions de vie.

Il faut aussi comprendre qu’il n’y a encore à l’époque aucun système de santé publique moderne, pas de moyens d’alerte, peu de possibilités de confinements dans des territoires subissant la guerre. La science des virus et des bactéries n’en est qu’à ses balbutiements – le virus de la grippe ne sera d’ailleurs découvert qu’en 1933. Il n’existe aucun antibiotique, aucun antiviral, pas de moyens de réanimation. Pas non plus de vaccin antigrippal, les seuls vaccins existant à l’époque étant ceux contre la rage et la variole.

Le terrain est donc favorable à ce qu’un virus à la souche nouvelle cause des dégâts humains sans précédent depuis l’épidémie de peste noire de 1347-1350.

La plus grande pandémie de l’histoire

Aux États-Unis, les mois de septembre et octobre 1918 sont les plus meurtriers. Les grandes villes et l’économie sont complètement paralysées par la contagiosité de la grippe, qui touche de 30 à 40 % de la population, et va tuer 650 000 personnes. Une infirmière sur quatre meurt, et les médecins sont totalement démunis. C’est ainsi que pour tout « remède », le médecin chef des armées américaines préconise de donner aux malades, qui meurent généralement de pneumonies incurables sans antibiotiques, de 8 à 30 grammes d’aspirine par jour, des doses démentielles qui tuent plus que la maladie elle-même.

Puis la vague touche l’Europe jusqu’en décembre. Près de 400 000 Français vont en mourir, 250 000 Britanniques, 430 000 Allemands, 25 000 Suisses. En atteignant le reste de la planète, par le biais de la colonisation et des déplacements considérables de troupes, elle va provoquer des ravages encore plus importants. On estime que 18 millions d’Indiens en sont victimes. Les Samoa Occidentales perdent 25 % de leur population.

Une troisième vague, moins meurtrière, car une bonne partie de la population est immunisée, arrive au printemps 1919. L’épidémie durera jusqu’en 1920 avant de s’éteindre.

La grippe Espagnole est la plus grande pandémie de l’histoire, devant la peste noire, qui avait touché un pourcentage de la population plus important, mais pour une planète bien moins peuplée. 1 milliard de personnes, sur les 2 milliards que comptait la Terre en 1918, sont contaminées. 100 millions en meurent. Soit un taux de létalité des malades de 10 %, et de 5 % de l’ensemble de la population mondiale.

Caractéristiques de la maladie

La spécificité de cette grippe est celle du profil de ses victimes. En grande majorité, elle tue des jeunes adultes de 20 à 40 ans. Des scientifiques, qui ont récemment identifié la souche comme étant la H1N1 identique à la pandémie de 2009, ont émis des hypothèses à ce sujet. La grippe n’étant pas une maladie nouvelle (les médecins de 1918 connaissaient ses symptômes, sans toutefois connaître l’agent viral), les personnes âgées de plus de 60 ans étaient partiellement immunisées, tandis que les jeunes étant confrontés à une nouvelle souche ne furent pas en capacité d’y résister.

Elle a aussi pour particularité d’être foudroyante, tuant parfois en quelques heures, par asphyxie et hémorragies pulmonaires, des individus bien portants. Et l’absence d’antibiotiques ne permit pas de stopper des complications que la médecine moderne sait traiter.

Grippe espagnole et Covid-19

On voit donc que les comparaisons avec l’épidémie de Covid-19 sont à prendre avec prudence, de par un contexte sanitaire, politique et économique extrêmement différent. Si l’on peut émettre l’hypothèse raisonnable que l’épidémie de coronavirus ne causera pas autant de victimes que la grippe espagnole, au prix il est vrai des mesures de confinement drastiques que nous subissons actuellement (mais qui n’étaient pas à la portée des sociétés de l’époque)1, son impact économique risque par contre d’être démultiplié, les économies étant beaucoup plus imbriquées et mondialisées aujourd’hui qu’il y a un siècle, même si l’Europe et l’Amérique du Nord furent à l’époque en état de quasi paralysie pendant un an.

On peut aussi mettre en avant que nos sociétés actuelles sont bien moins tolérantes, et à juste titre, à l’idée de subir des épidémies meurtrières qui étaient par le passé considérées comme une forme de fatalité, étant donné l’impossibilité d’y répondre. Les récits sur la grippe espagnole ne décrivent d’ailleurs aucune des scènes de panique que l’on a pu observer ces derniers jours. Une des raisons de la crise actuelle se trouve certainement là : une population pas encline à mourir ni même à tomber gravement malade, alors que nous disposons d’une médecine moderne ; et des capitalistes ne pouvant pas accepter de voir leur appareil productif et économique paralysé par une épidémie extrêmement incapacitante.

Quelques sources
Emission de France Culture : « La grippe espagnole de 1918 : la mère de toutes les épidémies » : https://www.franceculture.fr/emissions/ ... -epidemies
https://fr.wikipedia.org/wiki/Grippe_espagnole

1. Même si, bien sûr, il n’est pas question d’affirmer que seules ces mesures empêchent l’épidémie actuelle d’être aussi meurtrière que celle de 1918.

https://npa2009.org/idees/histoire/reto ... e1_c855ul7
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Re: Documentation épidémie

Message par com_71 » 12 Avr 2020, 17:02

Positif au Covid-19 donc immunisé contre la maladie? France-Info vous explique pourquoi ce n'est pas si simple

Les tests sérologiques, qui arrivent en France, doivent permettre de déterminer qui est immunisé. Plusieurs inconnues scientifiques subsistent, et toute la population ne pourra pas être dépistée.
Mis à jour le 12/04/2020

C'est l'une des clés du déconfinement. Connaître la proportion de la population qui a été en contact avec le coronavirus (ayant ou non développé des symptômes) intéresse au plus haut point chercheurs et pouvoirs publics. A priori, ces personnes déjà exposées au Sars-Cov-2 sont en effet susceptibles d'avoir développé des anticorps et donc d'être immunisés contre une nouvelle infection par le même virus.

Des tests sérologiques visant à vérifier la présence d'anticorps dans le sang sont en cours de validation. Toutefois, de nombreuses inconnues persistent sur l'immunité effectivement développée par le corps après une infection au Covid-19. Et ces tests, que la planète entière s'arrache, pourront difficilement être pratiqués sur l'ensemble de la population.

Comment le corps se défend-il face à un virus ?

Lorsqu'un virus pénètre un organisme, ce dernier se défend en produisant des anticorps. Le coronavirus responsable de l'épidémie de Covid-19 n'échappe pas à la règle. Il est en outre possible que cette production d'anticorps confère à la personne infectée une immunité, qui lui évite d'être contaminée une deuxième fois. "La plupart des virus à ARN à tropisme respiratoire [comme le Sars-Cov-2] donnent naissance à une réponse immunitaire protectrice. C'est plutôt une bonne nouvelle", souligne le professeur Eric Vivier, du Centre d'immunologie de Marseille-Luminy et membre de l'Académie de médecine.

Au contact d'un virus, le corps produit d'abord des immunoglobulines M (IgM), un type d'anticorps peu efficace, mais dont la présence signale que le corps est attaqué. Dans un second temps, après plusieurs jours, le système immunitaire produit des immunoglobulines G (IgG), beaucoup plus spécifiques et efficaces pour combattre le virus. Certains de ces IgG ont un caractère neutralisant : ils empêchent l'interaction qui permet au virus d'infecter les cellules. Ces anticorps permettent in fine d'éliminer le virus et donc de guérir et rendre la personne guérie non contagieuse.

Est-ce la même chose avec le Covid-19 ?

Concernant le coronavirus, "on voit généralement ces anticorps séro-neutralisants apparaître dans les deux à trois semaines, mais il faut parfois attendre un peu plus longtemps", explique Eric Vivier. Selon le professeur Jean-François Delfraissy, président du conseil scientifique sur le Covid-19, ces anticorps pourraient même n'apparaître que 28 jours après la contamination initiale, notamment chez les sujets asymptomatiques. Un test sérologique réalisé trop tôt sur un patient contaminé pourrait donc donner un résultat faussement négatif. "Un contrôle à trois semaines, voire plus, est donc indispensable", explique Johan Joly, médecin biologiste au laboratoire Biolam de Beauvais (Oise), qui propose déjà des tests sérologiques.

Autre inconnue : pendant combien de temps cette immunité peut-elle durer ? L'épidémie de Covid-19 est trop récente pour répondre avec le recul nécessaire. Les spécialistes ne peuvent donc s'appuyer que sur les durées d'immunité observées pour d'autres coronavirus, explique Frédéric Tangy, responsable de l'unité de génomique virale et vaccination à l'institut Pasteur, au Quotidien du médecin.

Il est probable que chez tous les gens qui ont été infectés, l'immunité dure 3 à 6 mois. Si elle durait moins, ce serait exceptionnel pour un virus de ce genre. (Frédéric Tangy Le Quotidien du médecin)

Si la pandémie dure plus longtemps, on ne peut donc pas exclure des cas de recontamination. Plus inquiétant : certains patients pourtant contaminés au Covid-19 ne produiraient pas d'anticorps séro-neutralisants, selon les premiers résultats d'une étude chinoise partagée sur la plateforme MedRxiv (en anglais). Les chercheurs ont analysé le plasma sanguin de 175 malades hospitalisés en février à Shanghai, diagnostiqués Covid-19 et guéris. Parmi eux environ 30% n'avaient produit qu'un très faible taux d'anticorps neutralisants au moment de quitter l'hôpital. Dix d'entre eux présentaient même un taux inférieur au seuil de détectabilité. Des prélèvements postérieurs ont donné les mêmes résultats.

Seules des études complémentaires permettraient de savoir comment ces patients ont réussi à guérir sans l'aide de ces anticorps neutralisants, et si ces patients pourraient être exposés à un risque de réinfection, écrivent les auteurs de l'étude.

En Chine, des cas de personnes positives au Covid-19 plusieurs semaines après leur guérison ont été rapportés. En France, l'infectiologue Christian Perronne alertait fin mars, sur BFMTV : "On commence à voir des personnes guéries qui une ou deux semaines après redémarrent des symptômes." A ce stade, il est cependant impossible de savoir si ces personnes ont été contaminées une deuxième fois par le virus (ce qui signifierait qu'elles n'avaient pas développé d'immunité), ou bien si la charge virale n'avait en réalité pas été totalement éradiquée.

Les tests sérologiques sont-ils fiables ?

La fiabilité des tests sérologiques repose sur deux principaux critères. Leur spécificité d'un part, c'est-à-dire leur capacité à n'afficher un résultat positif que pour la maladie recherchée, et éviter ainsi les faux positifs. Leur sensibilité d'autre part, c'est-à-dire la probabilité que le test soit positif si la maladie est présente, et donc sa capacité à éviter les faux négatifs.

Comme l'explique Le Figaro, les tests ne sont en règle générale pas validés par les autorités sanitaires. Le marquage "CE" apposé par le fabricant signifie simplement que celui-ci déclare respecter la législation de l'Union européenne. Ce sont à leurs clients, qui achètent et prodiguent ces tests (établissements de santé et laboratoires d'analyses), qu'incombe la responsabilité de valider leur fiabilité.

En France, l'Institut Pasteur (centre national de référence pour les virus des infections respiratoires) a été mandaté pour y voir plus clair parmi la profusion de tests proposés par l'industrie pharmaceutique. "Au moins 200 tests sérologiques sont actuellement en cours d'élaboration dans le monde. Nous espérons que certains seront bientôt utilisables", explique le directeur de l'unité virus et immunité de l'Institut, Olivier Schwartz, dans une interview à Paris-Normandie.

Le test conçu par la start-up bretonne NG Biotech a été évalué dans plusieurs hôpitaux. A l'hôpital Bicêtre du Kremlin-Bicêtre (Val-de-Marne), "250 sérums de patients ont été testés", explique Thierry Naas, chef du service de bactériologie. Résultat : "La quantité d'anticorps est parfois suffisante au bout de cinq jours. Mais à dix jours, l'efficacité du test est de 70% et à 15 jours de 98%", détaille-t-il à France 3 Bretagne.

Certains laboratoires proposent déjà des tests sérologiques au grand public. Les résultats permettent de savoir si un patient a rencontré ou pas le virus par le passé, ou bien s'il s'agit d'un cas "douteux". Difficile en revanche d'en tirer des conclusions définitives. "Les tests fonctionnent, mais c'est l'interprétation qui est délicate et soumise aux recommandations scientifiques", explique Johan Joly, du laboratoire Biolam de Beauvais.

Cette immunité peut-elle nous permettre de sortir du confinement généralisé ?

Avant de déconfiner, "l'idéal serait de tester l'ensemble de la population", afin de déterminer qui est immunisé ou pas contre le coronavirus, explique Eric Vivier. C'est ce que propose la maire de Paris, Anne Hidalgo, avec à la clé la délivrance par les médecins de "certificats d'immunité" permettant une dérogation au confinement. Si la faisabilité d'une telle campagne reste à prouver à l'échelle d'une ville, la perspective de tester les 67 millions de Français en seulement deux ou trois semaines semble illusoire.

Les données de sérologie vont être un paramètre important, mais pas le seul. Il faudra l'accompagner d'autres mesures, région par région. Et ce n'est pas parce que les gens auront été déconfinés qu'ils devront sortir sans protection, bien au contraire. (Eric Vivier à franceinfo)

Pratiqués sur des échantillons représentatifs de la population, ces tests constitueront malgré tout un précieux indicateur pour les épidémiologistes, qui pourront se faire une idée de la prévalence du coronavirus parmi les Français. Une donnée particulièrement utile pour évaluer en combien de temps pourrait être atteinte l'immunité de groupe – c'est-à-dire le fait qu'une proportion suffisante d'individus immunisés (estimée à environ 60% de la population) empêche la circulation du virus.

Sans données sérologiques, les spécialistes ne peuvent pour le moment émettre que des estimations. Selon eux, seulement 10 à 15% de la population ont rencontré le virus. Ce qui explique pourquoi la sortie du confinement ne pourra pas se faire sans redoubler d'efforts sur les gestes barrière.


https://www.francetvinfo.fr/sante/malad ... tor=AL-79-[article]-[connexe]
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Re: Documentation épidémie

Message par com_71 » 19 Avr 2020, 00:15

De la peste à la tuberculose, les hommes face aux épidémies. (Archives départementales d’Indre-et-Loire 2015)
http://archives.cg37.fr/UploadFile/GED/X/1424251764.pdf
L’intérêt ne pense pas, il calcule. Les motifs sont ses chiffres. K. Marx, « Débats sur la loi relative au vol de bois » 1842.
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Re: Documentation épidémie

Message par com_71 » 19 Avr 2020, 01:03

Mary Typhoïde : une vie en quarantaine
https://www.franceculture.fr/histoire/m ... uarantaine
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Re: Documentation épidémie

Message par com_71 » 21 Avr 2020, 01:29

Approches vaccinales. Un post de Plestin, 20 avril :

Voici un article de la revue IndustriePharma,i sur les différentes approches vaccinales.

Une précision : ARNm signifie ARN messager. L'ARN messager est une étape dans la synthèse d'une protéine par une cellule, il sert à traduire "l'information" codée par l'ADN (pour la fabrication d'une protéine) en plan de fabrication d'une protéine réelle.

Une deuxième précision : les vecteurs viraux dont il est question dans l'article sont constitués d'un virus qui n'est pas le SARS-CoV-2 (l'article ne le précise pas car c'est évident pour des lecteurs expérimentés, mais ça ne l'est pas pour tout un chacun). Habituellement, les thérapies géniques par exemple utilisent des adénovirus ou des lentivirus et ici, chez Johnson & Johnson, il s'agit justement d'adénovirus.


Une troisième précision : le recours à des adjuvants pour augmenter l'efficacité vaccinale est présenté ici comme un inconvénient. C'est à prendre au sens d'inconvénient industriel car nécessitant une étape supplémentaire de fabrication, et non pas au sens d'inconvénient sur le plan de l'efficacité et de la sécurité du vaccin.

Coronavirus : Tout comprendre sur les différents vaccins en développement
NICOLAS VIUDEZ
Publié le 16/04/2020

Virus inactivés, protéines virales, vaccins à ARNm ou à ADN… Alors que les annonces des laboratoires se multiplient sur le développement d’un vaccin contre le nouveau coronavirus, quelles sont les différentes stratégies pour parvenir à amener un vaccin sur le marché ?

La course aux vaccins est lancée. Sanofi, GSK, Johnson & Johnson, les géants de la pharma n’ont pas tardé à réagir à la pandémie en annonçant développer un vaccin. De nombreuses biotechs ont aussi répondu à l’appel telles que Moderna Therapeutics ou encore les laboratoires allemands BioNTech ou CureVac. Si le vaccin dans sa forme traditionnelle est toujours développé, de nouvelles stratégies de vaccination émergent. Le point sur ces différentes stratégies de vaccination, leurs avantages, leurs inconvénients et leur date d’arrivée sur le marché.

Le vaccin à partir de virus inactivé

Quoi ? C’est la forme la plus traditionnelle de vaccination. Le virus, isolé, est inactivé au moyen d’un traitement chimique qui lui fait perdre toute agressivité. Le virus est ensuite injecté dans l’organisme pour faire réagir le système de défense immunitaire et produire des anticorps capables de reconnaître le coronavirus. Des adjuvants sont par ailleurs souvent utilisés pour stimuler la réponse immunitaire face au virus inactivé.

Les pour et contre : La technique de fabrication est déjà connue et maîtrisée, la production à grande échelle pourrait être assurée partout dans le monde. « Ce type de vaccins entraîne généralement une forte réponse immunitaire », souligne Bruno Pitard, directeur de recherche CRCINA, Inserm1232/CNRS ERL 6001 et co-fondateur d'In-Cell-Art. Cette technique serait ainsi plus efficace pour les personnes âgées, dont le système immunitaire est moins réactif. Des questions se posent cependant sur la sécurité du vaccin avec un virus inactivé qui peut parfois se réactiver. Autres points négatifs, du côté de la production et de l’approvisionnement « La production prend beaucoup de temps, de six mois à un an et ces vaccins doivent être transportés à basse température avec une chaîne du froid à respecter », détaille Bruno Pitard.

Qui ? De nombreux laboratoires chinois se sont déjà lancés sur ce type de vaccins. Ainsi Sinopharm a annoncé, mi-avril, avoir reçu les autorisations pour démarrer des essais cliniques de phase II chez l’homme, en Chine.

Les protéines virales

Quoi ? Le coronavirus possède à sa surface des pointes (désignées en anglais sous le terme de Spikes) qui vont l’aider à entrer en contact avec les cellules à infecter. Ces pointes sont des protéines virales qui ont été désormais isolées en laboratoire. Elles peuvent être fabriquées et injectées pour faire réagir les anticorps à ces molécules étrangères. Le système immunitaire sera alors capable de se défendre, s’il rentre à nouveau en contact avec ces protéines virales.

Les pour et contre : Contrairement aux virus inactivés, les protéines virales isolées ne représentent aucun risque pour l’organisme. Ce type de vaccin est déjà connu et étudié puisqu’il a par exemple déjà été utilisé contre l’hépatite B ou contre le papillomavirus. La production est maîtrisée, elle peut se faire à grande échelle et plus rapidement que pour un vaccin traditionnel. Dans les inconvénients recensés, les protéines peuvent ne pas engendrer une réaction suffisante du système immunitaire et un adjuvant est alors nécessaire pour augmenter l’efficacité. « En fabriquant de manière industrielle, le risque est aussi de se retrouver avec un produit final qui n’est pas exactement une copie conforme de la protéine virale initiale », souligne également Bruno Pitard. Avec comme conséquence d’obtenir un vaccin moins efficace. Enfin, ces vaccins nécessitent aussi d’être stockés et transportés à basse température.

Qui ? Novavax ou encore Clover pharmaceuticals ont été les premiers à se positionner. Mais plus récemment, ce sont les géants Sanofi et GSK qui ont opté pour cette stratégie. Les deux laboratoires unissent leur savoir-faire en matière de production de protéines virales (Sanofi) et d’adjuvants (GSK).

Le vaccin à ADN et à ARNm

Quoi ? Et si, au lieu d’injecter des protéines virales ou un virus inactivé, les cellules du corps humain fabriquaient elles-mêmes ces molécules ? Tel est le principe du vaccin à ADN ou à ARNm, qui transforme les cellules en usine à vaccins. Concrètement, un fragment d’ADN qui code pour des protéines virales est amené à l’intérieur de la cellule. Une fois pris en charge, ce fragment va être transcrit sous forme d’ARNm qui est utilisé comme plan d’assemblage pour produire des protéines, relâchées ensuite dans l’organisme. Le système immunitaire va réagir à ces antigènes et produire des anticorps qui seront par la suite capables de reconnaître les protéines du coronavirus. Dans le cas du vaccin à ARNm, ce n’est pas un ADN mais directement un ARNm qui est acheminé jusqu’à la cellule.

Les pour et contre : Cette technique n’utilise aucun adjuvant. Comme pour les protéines virales et contrairement au virus inactivé, les molécules en circulation ne correspondraient qu’à une partie du virus et ne seraient pas pathogènes pour le corps humain. « Il n’y a pas besoin de conditions particulières de stockage, les vaccins peuvent être conservés à température ambiante », souligne par ailleurs Bruno Pitard. Une caractéristique importante pour une distribution à grande échelle, dans les pays en voie de développement. Cette technique est aussi la plus rapide pour la production du vaccin, grâce à une méthode standardisée. Mais les défis restent cependant nombreux. Le vaccin à ARNm ou à ADN est encore en phase d'étude et n’a pas encore montré son efficacité chez l’homme. « Cette technique est la plus prometteuse, mais de loin la plus expérimentale », résume Bruno Pitard.

Qui ? De nombreuses biotechs se sont lancées sur cette technologie, par exemple Moderna Therapeutics, CureVac, ou encore BioNTech.

Les vaccins à vecteurs viraux

Quoi ? Le vaccin à vecteur viral fonctionne selon le même mécanisme d’action que les vaccins à ARNm et les vaccins à ADN. La séquence codant les protéines virales est cependant acheminée à la cellule au moyen d’un vecteur viral, c’est-à-dire un virus modifié et conçu pour transporter la séquence. Ce mode d’action est également utilisé dans les thérapies géniques.

Les pour et contre : Par rapport aux vaccins à ARNm ou ADN, la réponse immunitaire pourrait être plus satisfaisante avec un vecteur viral. Mais le recours à cette technologie nécessite cependant de produire suffisamment de vecteurs pour pouvoir adresser le fragment à l’intérieur de la cellule. « Le vecteur viral ne va pas être neutre une fois injecté dans l’organisme et peut interférer avec le système immunitaire », remarque Bruno Pitard. Un élément qui peut poser problème en cas d’injections répétées avec un système immunitaire qui serait en mesure de neutraliser le vecteur et donc le vaccin. Cette technique nécessite par ailleurs une chaîne du froid renforcée.

Qui ? Le leader en la matière est le géant mondial J&J qui a annoncé développer un vaccin en s’appuyant sur cette technologie. J&J souhaite capitaliser sur ce principe du vecteur viral qu’il a utilisé pour un vaccin contre le virus Ebola et d'autres développements en cours sur le VIH ou Zika.

Combien de temps avant un vaccin ?

La plupart des laboratoires communiquent sur une durée allant de 12 à 18 mois avant d’avoir un vaccin prêt à être mis sur le marché. C’est le temps nécessaire aux différentes études pour évaluer l’efficacité du vaccin, le nombre de doses nécessaires et à quels intervalles doivent se faire les différentes injections.

C’est le délai dont les médecins ont également besoin pour s’assurer que le vaccin soit sans danger pour les patients, y compris pour les personnes âgées, souffrants de maladies chroniques, qui représentent la majorité des victimes de Covid-19 et seraient ainsi les premières concernées par l’arrivée d’un nouveau vaccin.

Malgré ce délai annoncé, certains laboratoires espèrent gagner de précieux mois. En termes de rapidité, ce sont les vaccins à ARNm ou ADN qui mènent la course. Moderna Therapeutics a annoncé vouloir mettre à disposition des premiers lots de son vaccin pour l’automne 2020, à destination des personnels soignants. Mais il faudra pour cela apporter des premières preuves d’efficacité chez l’homme.
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Re: Documentation épidémie

Message par com_71 » 04 Mai 2020, 11:32

Johanna Amselem ,Yahoo Actualités 4 mai 2020 a écrit :Coronavirus : anticiper un retour de l'épidémie grâce à l'analyse des eaux usées

Une étude menée sur les eaux usées de Paris permettrait de prévoir l’apparition d’une possible deuxième vague de l’épidémie de coronavirus.

Dans la bataille contre le coronavirus, l’analyse des eaux usées s’avère indispensable. A l’échelle européenne, plusieurs études ont révélé des traces du Covid-19 dans les eaux usées de grandes villes. En Île-de-France, des échantillons d’eau sont prélevés chaque semaine dans cinq usines installées près de la capitale. Les chercheurs affirment que ces différentes analyses reflètent la situation actuelle de l’épidémie comme l’explique France Inter.

“Avant même qu’on ait diagnostiqué 100 cas en Île-de-France, on avait déjà des traces de virus dans les eaux usées, ce qui nous permettait de savoir que l’épidémie avait commencé”, détaille Laurent Moulin, en charge de la recherche et développement au sein d’Eaux de Paris cité par la radio. Il est également le co-auteur de l’étude menée avec trois équipes de Sorbonne Université. Et d’ajouter : “Plus l’épidémie avançait, plus on avait de traces de génome dans les eaux usées. À partir du moment où il y a eu le confinement, au bout d’une semaine, on a commencé à voir cette charge virale se réduire. Aujourd’hui, nous sommes en phase descendante”.

Anticiper l’épidémie

Grâce à l’analyse des eaux usées, les chercheurs ont pu remarquer que la quantité de génome du virus collectée par litre d’eau usée a été multipliée par 100 pendant l’épidémie. Un taux qui a ensuite faibli. Les scientifiques estiment donc que cette analyse peut permettre de donner l’alerte d’une possible deuxième vague de l’épidémie avant même l’apparition des symptômes chez les patients. “C'est un indicateur très sensible dès le début. Avant même un afflux vers l’hôpital, on a déjà des traces de génome dans les eaux usées. Cet outil nous permet de dire très précocement que l’épidémie démarre. Et peut-être de dire, dans le futur, si elle redémarre”. Un moyen donc de surveiller l’épidémie et d’alerter rapidement les autorités sanitaires.

Cet indicateur permet également de comptabiliser les porteurs sains, ceux qui ne développent pas de symptômes de la maladie et qui sont donc particulièrement difficiles à repérer et à intégrer au comptage officiel du nombre de malades. Pour le moment, cette étude des eaux de Paris n’a pas encore été relue par la communauté scientifique.

https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-a ... 31171.html
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Re: Documentation épidémie

Message par com_71 » 31 Juil 2020, 10:05

futura 30/07/2020 a écrit :Le coronavirus est resté caché plus de 40 ans dans les chauves-souris avant d'émerger ?

S'il est si important de retrouver l'origine du coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19, c'est parce qu'ainsi, de futures crises sanitaires pourraient être évitées. Et justement, une équipe internationale de chercheurs annonce aujourd'hui que la lignée de virus dont est issu le SARS-CoV-2 circule chez la chauve-souris depuis au moins 40 ans.

Il y a quelques jours, la virologue chinoise Shi Zhengli, rendue célèbre par son travail sur les virus de la chauve-souris, revenait sur les théories du complot qui prétendent que le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 s'est échappé de l'Institut de virologie de Wuhan (Chine) où elle travaille. Réfutant ces théories avec force et conviction, elle rappelait que la recherche de l'origine d'un virus est une tâche scientifique des plus difficile.

C'est sans doute pourquoi il aura fallu mobiliser une équipe internationale et pluridisciplinaire pour tenter d'y voir plus clair quant à l'origine du SARS-CoV-2. D'autant que les coronavirus disposent d'un matériel génétique hautement recombinant. En d'autres mots, différentes régions de leur génome peuvent être dérivées de plusieurs sources. Pour reconstruire l'histoire évolutive de ce coronavirus en particulier, il aura donc d'abord fallu identifier toutes les régions qui se sont recombinées. Ensuite, il aura fallu reconstruire les histoires phylogénétiques des régions non recombinantes. Puis les comparer les unes aux autres pour voir quels virus spécifiques ont pu être impliqués dans des événements de recombinaison par le passé.

Un travail méticuleux qui a permis aux chercheurs de reconstruire finalement les relations évolutives entre le SARS-CoV-2 et ses virus connus les plus proches. Et de conclure que la lignée à laquelle ce coronavirus appartient s'est différenciée des autres il y a environ 40 à 70 ans. Mais aussi que même si le SARS-CoV-2 est génétiquement très proche - à environ 96 % - du RaTG13, identifié en 2013 dans la province du Yunnan (Chine), il s'en est écarté dès 1969.

Miser sur la prévention

Les chercheurs ont aussi découvert que l'un des traits les plus anciens que le SARS-CoV-2 partage avec ses parents est justement celui qui lui permet de reconnaître et de se lier aux récepteurs situés à la surface des cellules humaines. De quoi imaginer que d'autres virus susceptibles d'infecter les humains circulent depuis longtemps au sein des populations de chauve-souris chinoises.

Mais pas sans un intermédiaire... Ou peut-être que si. Car les chercheurs affirment que, s'il est possible que le pangolin ait fait figure d'hôte intermédiaire pour le SARS-CoV-2, il n'existe aucune preuve qui suggère que l'infection par des pangolins soit un indispensable pour que les virus de la chauve-souris sautent la barrière des espèces jusqu'aux Hommes. Ces derniers travaux suggèrent au contraire que le SARS-CoV-2 a probablement développé, grâce aux propriétés généralistes de ses ascendants, la capacité à se répliquer dans les voies respiratoires supérieures des humains et des pangolins.


« Ce ne sera pas notre dernière pandémie de coronavirus », prévient Macej Boni, biologiste, dans un communiqué de l’université de Penn State (États-Unis). « Un système de surveillance beaucoup plus complet et en temps réel doit être mis en place pour maîtriser ce type de virus avant que le nombre de cas atteigne la centaine. » Pour ce faire, les chercheurs appellent à un meilleur échantillonnage des chauves-souris sauvages avec l'objectif d'identifier les virus les plus à risque


https://www.futura-sciences.com/sante/a ... ger-80101/
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